La tipica pregunta… lo que esta de moda en este momento es el Eclipse, aunque a mi me gusta mas el NetBeans, aunque para aprender estoy usando el Bluej que es mas sencillo y no te ‘ayuda’ tanto, tambien se puede usar cualquier editor de consola, una temporada estuve usando el nano con resaltado de sintaxis para java, pero como no me hacia las tabulaciones automaticamente al final me canse y volvi al bluej, porsupuesto cuando me siento muy profesional uso el NetBeans, pero suelen ser pocas veces.

Los ficheros de java se guardan con la extension .java (aunque esto en linux da lo mismo que lo mismo da), se compilan con javac fichero.java y se ejecutan con java fichero, estos comandos se instalaron al instalar java, aunque si usas entornos avanzados como eclipse o netbeans esto no te hara falta ni saberlo por que te lo hacen todo ellos solitos